オオサンショウウオが天然記念物に指定されてから保護活動が始まりましたが、従来は主に捕獲等の規制に重点が置かれてきました。その後、平成9年（1997年）に河川法が、同13年（2001年）には土地改良法が改正され、河川及びその周辺に生息する生物と生息環境の保全に配慮することが明記されました。

このような流れを受けて、三重県では同14年（2002年）に「特別天然記念物オオサンショウウオ保護管理指針」が策定され、奈良県ではこれを準用する形で保護活動を行うことになりました。
そして同24年（2012年）には、奈良県と三重県が共同で「特別天然記念物オオサンショウウオ保護管理指針2012」を策定しました。

これにより、両県一体で保護活動を行うことになり、オオサンショウウオの生息している木津川流域全体をカバーする形で保護活動ができるようになりました。

ここでは保護活動のうち、生息調査と、工事前の保護調査についてご紹介します。
まず生息調査ですが、これは日没後、夜間に川に出かけて行き、オオサンショウウオを捕獲する調査です。

捕獲したオオサンショウウオは、後日DNA解析によって在来種か交雑種かを判別します。
このうち在来種については、ICチップを埋め込んで捕獲した川に放流します。
ICチップには、個体番号、発見場所・日時、個体の全長・体重などが記録されていますので、
行動範囲や成長過程を把握するのに役立ちます。一方、交雑種については、絶滅危惧種であることには変わりありませんので施設で保護しますが、川に戻すことはありません。

こうして、川には在来種のみが生息している環境になるようにしていきます。
この生息調査では、年間約200匹を捕獲・調査しています。

次に工事前の保護調査ですが、これは河川工事の着手前に工事箇所の川の水を抜いて、オオサンショウウオを保護する調査です。オオサンショウウオが見つかれば施設で保護し、工事終了後に原則として元の場所に戻します。主に宇陀郡と山添村で行われています。

オオサンショウウオの生息調査は基本的に夜間に行われますので、作業実施スケジュールを立てるのには、細心の注意を払います。

また、保護活動は専門の先生方の指導のもとで実施していますが、後継者不足が危惧されています。

全国的に見ても、奈良県はオオサンショウウオの保護活動を活発に行っている地域ですが、改善が必要な点もあります。
例えば、奈良県にはオオサンショウウオの一時保護施設がないという点です。

現在は三重県の協力を得ていますが、ゆくゆくは奈良県でも対策を検討していかなくてはならないと思います。

オオサンショウウオの保護は、地道な作業の積み重ねであり、たゆまぬ努力が必要とされます。
しかも、保護には長大な期間がかかる反面、絶滅までの時間はきわめて短期間です。

したがって、オオサンショウウオを次代に残していくために、今後も保護活動を継続していくことが何よりも重要であると考えています。