良弁僧正の命日にあたる12月16日の朝、翌年の修二会を勤める練行衆が発表されます。２月20日からは「別火」と呼ばれる前行が始まり、３月からの本行に備えます。
３月１日の深夜1時に「授戒」が行われた後、法要の中心となる「悔過法要」が連日６回(「日中」「日没」、「初夜」「半夜」、「後夜」「晨朝」)行われます。
「お水取り」と呼ばれる行事は、３月12日の「後夜」の中で６人の練行衆が閼伽井屋に向かって香水（二月堂の下の岩から湧き出る神聖なる清水）をくみ、これを須弥壇下の香水壺に蓄えて本尊にお供えする作法です。その後再び「悔過法要」が日に６回行われ、ついに最終日、満行を結ぶことで修二会の行事はすべて終了します。
これら一連の「不退の行法」はこれから先も途切れる事なく、連綿と受け継がれていくことでしょう。

１日６回、「日中」「日没」、「初夜」「半夜」、「後夜」「晨朝」の薬師悔過が勤められ、金堂内には練行衆が唱える声明が響き渡ります。圧巻は初夜にのみ執り行われる「咒師作法」です。薬師寺に伝わる密教作法で、堂内の灯りをすべて落とし暗闇の中で法螺貝、太鼓、鐘、鈴が大音響かつ独特のリズムで鳴り響く中、咒師が両手に刀を持って擦り足で三周し、終了すると再び堂内は静けさに包まれます。
最終日の３月３１日に花会式は結願を迎え、悔過法要に加え神供、護摩焚き、鬼追い式が行われます。午後８時頃、赤・青・黒など５匹の鬼が松明を振り回しながら境内を暴れまわり、参詣者に向かって叫び回り、殴りかかる仕草をします。やがて鉾と松明を持った毘沙門天が鬼を退治し、めでたく花会式は結願を迎えます。
東大寺の「お水取り」が済むまで大和路に春は来ない、といわれていますが薬師寺の「花会式」が終わると、ようやく本格的な春が訪れます。