概要
補助金を受け取った医療機関は、「消費税等仕入控除税額報告書【第5号様式】」の提出が医療機関ごとに必要です。
※返還額が0円の場合でも必ず提出が必要です。
仕入税額控除の詳細は、税理士・所轄の税務署にお問い合わせいただくか、国税庁のホームページ（外部サイトへリンク）をご確認ください。
報告対象者
令和6年度に補助金を受領した県内の保険医療機関（病院、医科・歯科診療所）
※薬局向けの補助金は県薬務・衛生課までお問い合わせください。
申請期間
奈良県申請受付期間：令和7年11月4日～令和8年4月30日（厳守）
この仕入控除税額報告は、交付を受けた補助金の補助対象経費にかかる課税仕入れを行った日の属する課税期間の消費税及び地方消費税を所轄税務署に確定申告した後に行う報告です。個人・法人の確定申告により、補助金に掛かる消費税の仕入控除税額が確定している場合は、速やかに提出をお願いいたします。消費税及び地方消費税の納税義務がなく、確定申告を行う必要がない事業者も、返還が不要な旨を速やかに報告してください。
申請方法
電子申請（奈良スーパーアプリ）にて受付します。
会計事務所が代理で申請する場合、事務所で新規に団体アカウントを作成の上、申請してください。
大病院・病院・診療所共通のフォームです。
返還の有無に応じてフォームを選択してください。
返還なしの場合はこちら
https://nsa.pref.nara.jp/gap/applicationRegister?appmngid=a03J3000009zPMN&entry=1
返還ありの場合はこちら
https://nsa.pref.nara.jp/gap/applicationRegister?appmngid=a03J3000009zPJn&entry=1
要綱・様式（必要書類）
報告様式：【医療機関名】消費税等仕入控除税額報告書様式.xlsx
※様式内に記載の記入例および下記マニュアルに従い作成してください。
マニュアル：消費税等仕入控除税額報告マニュアル.pdf
交付要綱：令和7年度要綱.pdf ※本ページでご案内している事業は、交付要綱第14条に該当します。
よくあるご質問
報告義務について
（1）仕入控除税額なしですが、報告の必要はありますか。
⇒補助金の交付を受けた補助事業者は返還額の有無にかかわらず報告する必要があります。（交付要綱第14条）
（2）個人事業主の場合も報告が必要ですか。
⇒個人事業主か法人化にかかわらず、すべての補助事業者が報告する必要があります。
（3）補助金の交付を受けた医療機関等は既に廃止していますが、報告の必要はありますか。
⇒補助金の交付を受けた後、医療機関等を廃止した場合も、報告する必要があります。
（4）補助金の交付を受けた当時から、医療機関等の名称を変更しているが、「事業者名」はどうすればよいですか。
⇒補助金の交付を受けた当時から、医療機関等の名称を変更した場合、現在の名称で報告してください。
その際、旧名称から変更したことが分かる書類（登記事項証明書写しなど）も併せて添付してください。
消費税に係る確定申告について
（1）税務署へ修正申告を行い、課税売上割合が変わった場合はどうすればよいですか。
⇒報告書を修正する必要がありますが、奈良県の審査状況に応じて対応が異なります。
速やかに当課（地域医療連携課）まで連絡してください。
（2）消費税の確定申告をしているかどうか分からないです。
⇒確定申告について不明な場合は、経理担当の方や顧問税理士などにお尋ねください。
（3）奈良県で返還額を計算して通知はできないですか。返還額を教えて欲しいです。
⇒返還額の計算は、事業者の確定申告有無や、確定申告時の仕入控除の計算方法などを確認する必要があります。
これらは県で把握することができないので、事業者側で書類作成・報告をお願いしています。
（4）補助対象経費について、課税売上対応分・共通対応分・非課税売上対応分など、いずれに該当するか分かりません。
⇒仕入控除額の計算をした際に、事業者において、補助対象経費をいずれかに割り振って計算しているはずです。
いずれに割り振られたか、経理担当の方や顧問税理士等にお尋ねください。
（5）返還額なし（0円）で申請したが、その後の手続きはどうなりますか。
⇒その後の手続きはありません。※書類に不備がある場合は、差し戻しますので、ご対応ください。
（6）仕入控除税額の返還額がある場合は奈良県に振込をすればよいのですか。
⇒報告書の審査を行い、額が確定した後に県から納入通知書兼領収証書を送付します。
納入通知書の記載を確認のうえ、期日までに振込をお願いします。
報告書の記載方法について
（1）補助事業を実施した期間を含む課税期間が2期にわたる場合はどのように記載すればよいですか。
⇒補助金を充てた経費を課税期間ごとに振り分けて、補助金額も課税期間ごとに対応するよう按分し、2期分をそれぞれ分けて報告してください。
仕入控除税額に関する詳細は下記にお問い合わせください。
国税庁
https://www.nta.go.jp/
奈良県内税務署所在地
https://www.nta.go.jp/about/organization/osaka/location/nara.htm
お問い合わせ先（医療機関）
仕入控除税額の詳細は、税理士・所轄の税務署にお問い合わせください。
奈良県福祉保険部医療政策局 地域医療連携課
医療DX・連携・在宅医療推進係 電子処方箋活用・普及促進事業担当
電話番号：0742-27-8162
メール：nara-denshishohousen★office.pref.nara.lg.jp
（★を@に変換してください）
受付時間：平日8時30分～12時 13時～17時
※お問い合わせは、できるだけメールでのご連絡にご協力ください
※薬局向け補助金については薬務・衛生課までお問い合わせください
※奈良スーパーアプリの操作方法などはデジタル戦略課/デジタル管理室までお問い合わせください