慶長６年（１６０１）には、徳川秀忠の兵法指南役となり、３千石の旗本となりました。慶長１０年（１６０５）、秀忠が２代将軍になると、宗矩の指導する新陰流は将軍家の剣法「柳生流」として、天下一の称を受け、江戸柳生家を開きます。さらに、元和７年（１６２１）、徳川家光の兵法指南役となり、新陰流を伝授します。寛永６年（１６２９）に、従五位下に叙任、但馬守に任官し、寛永９年（１６３２）に、初代の幕府惣目付（大目付）となり、老中、諸大名の監察を任として、３千石の加増を受けます。そして、寛永１７年（１６４０）、１万石の大名に列し、大和国柳生藩を立藩します。

一介の剣士から大名にまで立身したのは、剣豪に分類される人物では、日本の歴史上で、彼ただ一人でありました。宗矩が残した「兵法家伝書」は、「五輪書」とともに近世武道書の２大書とされ、それまでの武術としての剣術を武道にまで昇華させました。

没後、その死を惜しんだ家光の推挙により、従四位下を贈位されました。１万石の身でこの贈位は異例で、それだけ家光の信頼が厚かったことを示します。

現在、奈良市の柳生町には、旧柳生藩の家老屋敷や陣屋跡、沢庵禅師の開山した芳徳寺があり、宗矩をはじめ柳生一族の墓が残っています。