慶長５年（１６００）の関ケ原の合戦後、徳川家康は大和国の豊臣系大名を一掃し、功労のあった武将達に知行（俸禄として与えた領地）を細分して与えました。そのため小藩が分立し、旗本、社寺領の混在する複雑な支配態勢のもとにおかれ、これは明治維新まで大きくは変わりませんでした。
大名として、宇陀松山に福島高晴、戒重に織田長益、竜田・小泉に片桐且元・貞隆兄弟、御所・新庄に桑山元晴・一晴の叔父、甥、五條二見に松倉重政が配置されました。
大坂の陣の後、宇陀松山は、福島高晴に変わり織田信長の子、信雄が転封、また、松倉氏は、戦功により肥前国日野江藩に転封し、大和五條藩は廃藩となります。織田長益は京都に隠棲し、４男長政に戒重１万石、５男尚長に柳本１万石を治めさせました。郡山藩には、刈谷藩(現在の愛知県)から水野勝成が転封します。

御所藩桑山氏、竜田藩片桐氏は後継者がなく断絶しました。新庄藩桑山氏は、徳川家綱の法会で不敬があったとして改易に、さらに、宇陀松山藩の織田氏は、御家騒動が元で、柏原へ国替えとなり、いずれも廃藩となります。一方、柳生宗矩が大名に列し柳生藩の、幕府の大番頭の植村家政が高取藩の藩主となります。また、宮津藩(現在の京都府)より、永井氏が新庄に移り櫛羅藩を、明治元年には、平野氏が１万石に列し田原本藩を立藩します。
要衝の地、郡山には、水野氏の後、松平、本多氏と有力な譜代大名がめまぐるしく入れ替わった後、甲府より、柳澤氏が転封し、明治維新まで続きます。
版籍奉還の後、大和国内に、城や陣屋をもつ大名家は、郡山藩《柳澤》、高取藩《植村》、
小泉藩《片桐》、柳本藩《織田》、芝村藩《織田》、柳生藩《柳生》、櫛羅藩《永井》、田原本藩《平野》の８藩でした。