1878（明治11）年に来日したフェノロサは、日本美術に関心を持ち、岡倉天心らとともに何度も奈良を訪れました。特に飛鳥・天平仏に深い感動を覚え、この邂逅を「一生の最快事なり」と語ったように、奈良には特別の思いがあったようです。
当時の奈良は、1868（明治元）年に明治政府が出した神仏分離令をきっかけとして、いわゆる廃仏毀釈の運動が活発となっていました。その結果、多くの仏教建築、仏像、仏画などが破壊され、興福寺の五重塔も売りに出されてもう少しで解体されそうになりました。
明治政府から関西古社寺調査団の顧問に抜擢されたフェノロサは、文化財の保護を強く訴え、数々の文化財を破壊から守りました。そして、フェノロサの調査が基となって、1897（明治30）年には古社寺保存法（現在の文化財保護法）が制定されました。

前述のように、明治初期における廃仏毀釈の風潮のなかで、日本の文化財は壊滅の危機にさらされました。その中から、数々の文化財を救ったのがフェノロサでした。それとともに、奈良での演説にみられるように、当時の日本人に日本文化の崇高さや重要性を説き、自信と勇気を与えたのもフェノロサでした。このように物心両面において日本文化の救世主となった人物が、外国人であったという事実は、まことに興味深いことです。
今日、奈良には多くの文化財が残されており、我々が鑑賞することができるのも、フェノロサの活躍によるところが大きいといえます。